Illumina Solexa二代测序
Illumina公司的Solexa测序技术是一次运行就能产生数百亿到数千亿高质量碱基的革命性化学方法，这种技术的成本不足毛细管测序千分之一。Solexa测序技术运用了微阵列技术和专有的可逆终止子技术，
小RNA测序
小RNA是一类重要的体内调节分子，主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默，参与基因转录后调控，从而调节细胞生长、分化，以及个体发育、生殖等重要生物学过程。
non-coding RNA测序
贝瑞和康用新一代测序方法进行non-coding RNA分析的优势：1）不依赖参考基因组； 2）更加全面的发现新的非编码RNA；3）能够知道链的方向性。
微生物Meta测序
16S rDNA序列（在所用物种中高度保守）是最常用的细菌分类标准，通过提取环境样品的DNA，并扩增其中16S rDNA基因；通过检测16S rDNA 的序列变异和丰度，反映环境样本中细菌的分类和丰度
基因组重测序（Re-sequencing）
使用的Illumina Genome Analyzer平台只需要极少量的样品，便可对数量有限的保存组织、拟胚体、小的模式系统和难以培养的生物进行测序。
高通量测序包RUN
MiSeq测序系统采用Illumina成熟的TruSeq边合成边测序技术，它是唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行最多能产生超过7 Gb的数据。