外显子组测序（Exome sequencing）
全外显子组（ Exome）是指基因组中全部外显子区域的总和，人类的外显子组约占基因组的 1%~2%，包含了蛋白质合成的重要信息，是基因行使功能最直接的体现。
基因组目标区域重测序
使用Illumina Genome AnalyzerⅡ对基因组挑选某些特定区域进行测序。节约了测序成本和时间，有助于发现大量个体基因变异、靶向筛选核酸序列等。
染色质免疫共沉淀技术测序（chip-seq 组蛋白 转录因子）
将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
真核mRNA测序
真核mRNA转录组测序是借助新一代高通量测序技术，以真核细胞在某一功能状态下所能转录出的全部mRNA为研究对象，全面了解该生物样品在特定时空下基因的表达情况。